学宫位于大成殿后，门楣上书“东南第一学”，进门左右边的亭子中竖有一钟一鼓，对着学宮大门的是古风盎然的明德堂（原称明伦堂，以培养学子忠君爱国思想，元军攻克南京时文天祥为表宁死不屈决心亲自手书改明德堂）。明德堂后有尊经阁，重檐丁字脊歇山顶，气象非凡（是当年存放儒家典籍、教谕讲课的讲堂，现为民俗风情陈列馆）。与尊经阁并排而立的是崇圣词和青云楼，尊经书院分置尊经阁后两边，崇圣词原为专奉孔子先辈之所，现为梨园。尊经阁后的小高地叫卫山、建有敬一亭，亭内立皇帝御题的《敬一箴》作为生员士子座右铭（敬一就是对孔学的敬业之意）。兔泉：玉免泉，秦桧、文天祥、吴敬梓、孔尚任、林则徐、李鸿章等在此求学时都饮用过这泉水，使之被认定为智慧泉。庙碑：指玉兔泉旁的五块石碑：《筹措朝考盘费碑》，《孔子问礼图碑》（1500多年历史，图文请晰）。《集庆孔子庙碑》、《封至圣夫人碑》、《封四氏碑》，此三碑是仅存的元碑，其历史价值不可估量。